Lý Cao Tông nghe lời gièm của Phạm Du, bắt cha con Phạm Bỉnh Di định giết.

Quách Bốc đóng quân ở ngoài thành nghe tin đó, bèn đem binh lính phá cửa Đại Thanh kéo vào nội điện để cứu chủ. Trong lúc quân Quách Bốc và quân triều đình đang giằng co ngoài cửa, Cao Tông thấy việc kíp quá, sai giải Bỉnh Di và Phụ vào chỗ bệ đá nghỉ mát trong điện Kim Tinh. Phạm Du cùng em là Phạm Kinh ở trong ngự đường đi ra, lấy luôn binh khí trong cung đâm chết cha con Bỉnh Di rồi cùng Cao Tông bỏ kinh thành Thăng Long chạy trốn.[2]

Quách Bốc nghe tin cha con Bỉnh Di bị giết bèn sai quân sĩ đột nhập vào chỗ bệ đá trong điện Kim Tinh. Lúc đó vua Cao Tông và anh em Phạm Du đã chạy trốn. Quách Bốc sai quân lấy xe ngự chở xác Bỉnh Di, lấy chiếu ngự bọc xác của Phạm Phụ, theo cửa Việt Thành khiêng xuống bến Triều Đông an táng.[1]

Quách Bốc liền vào cung Vạn Diên tôn người anh thứ của Thái tử Sảm là Lý Thầm lên làm vua. Một số đại thần trong đó có Thái sư Đàm Dĩ Mông (em của Hoàng hậu Đàm thị) quy phục Lý Thẩm và Quách Bốc.

Lý Cao Tông chạy về Tam Nông (Phú Thọ) nương nhờ nhà Hà Vạn, một thủ lĩnh miền thiểu số có thế lực. Thái tử Lý Sảm cùng mẹ là Nguyên phi Đàm thị và hai em gái chạy về Hải Ấp, Thái Bình đang dưới quyền cai quản của Trần Lý.

Lý Sảm chạy trốn đến ở nhà Trần Lý, lấy con gái Trần Lý là Trần Thị Dung làm vợ, lại phong cho Trần Lý tước Minh Tự, em vợ Lý là Tô Trung Từ (cậu Thị Dung) làm Điện tiền Chỉ huy sứ. Hai người chiêu tập quân đội dưới danh nghĩa giúp Thái tử Sảm để đánh Quách Bốc.

Trần Lý và Tô Trung Từ mang quân đánh về kinh thành đánh dẹp Quách Bốc. Sử sách ghi rất sơ lược về diễn biến này. Cuối năm 1209, loạn Quách Bốc bị dẹp, Trần Lý tử trận, Tô Trung Từ đón vua Cao Tông về cung. Do Phạm Du đã chết mà thế lực Trung Từ mạnh nên vua Cao Tông dựa vào phe Trung Từ. Đàm Dĩ Mông trước đã hàng phục Lý Thẩm và Quách Bốc vẫn không bị trị tội, được làm chức Thái úy.

Sử sách chép không rõ về kết cục của Quách Bốc (cũng như Lý Thầm). Đại Việt sử ký toàn thư ghi đại lược: "Trừng trị bọn Quách Bốc làm loạn, xử tội theo mức độ khác nhau".[2] Khâm định Việt sử thông giám cương mục cũng ghi vắn tắt: "Vua xét tội tùy theo nặng nhẹ có sai biệt". Sách Việt sử tiêu án không đề cập tới việc xử tội phe Quách Bốc.